A la mort de son père, en 511, il se partage le royaume des Francs avec ses trois frères : Thierry Ier, Childebert Ier et Clotaire Ier.
Thierry, l'aîné, est largement avantagé, et Clodomir partage la moitié du royaume de Clovis avec ses deux autres frères. C'est le royaume d'Orléans qu'il reçoit.
Il s'unit à ses frères pour faire la guerre à Sigismond, roi de Bourgogne, qui fut fait prisonnier, et assassiné, ainsi que sa femme et ses enfants.
Les fils de Clotilde se croyaient, par leur mère, des droits sur ce royaume, et vivaient d'ailleurs la politique de Clovis, qui ne voulait d'autre domination dans les Gaules que celle des Francs.
Les Bourguignons s'étant donné un autre chef dans la personne de Gondemar, Clodomir leur livra une nouvelle bataille, dans laquelle il périt, à l'âge de 39 ans.
Reconnu sur le champ de bataille à sa longue chevelure, les Bourguignons lui coupèrent la tête, qu'ils élevèrent au bout d'une lance, spectacle qui redoubla la furie des Français, les rendit victorieux, et les porta à faire un horrible carnage de leurs ennemis.
Clodomir laissa trois fils de sa femme Godinque (ou Gondioque ou Gontheuque) ; Childebert et Clotaire, leurs oncles, les demandèrent à Clotilde qui les élevait, sous prétexte de les mettre en possession de l'héritage de leur père ; quand ils les tinrent en leur puissance, ils firent dire à Clotilde d'opter, pour ses petits-fils, entre la mort ou une réclusion perpétuelle, dans un monastère.
Clotilde, dit-on, répondit qu'elle préférait leur mort à leur dégradation, et, sur cette réponse d'une femme troublée, qu'il était odieux de consulter puisqu'elle n'avait pas le droit de prononcer. Gontaire et Théobalde, les deux aînés, furent assassinés.
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